Die Forschungsprojekte von Michael Müller beschäftigen sich mit dem Staats- und Verwaltungsrecht, insbesondere dem Öffentlichen Finanz- und Wirtschaftsrecht sowie dem Steuer- und Sozialrecht, einschließlich seiner internationalen Einbindung und seiner theoretischen und historischen Grundlagen. Dabei liegt ein Schwerpunkt häufig auf aktuellen Chancen und Herausforderungen, die sich aus der Digitalisierung als gesamtgesellschaftlichem Phänomen für das Recht ergeben.